Ludzie pragną czasami się rozstawać, żeby móc tęsknić, czekać i cieszyć się z powrotem.
Tenel Ka została nową monarchinią Konsorcjum Hapes, a Jag Fel naczelnym dowódcą jej floty. Atak obcych na Hapes zakończył się niepowodzeniem. Yuuzhan Vongowie rozpoczęli polowanie na bliźnięta Solo, bo uznali, że tylko ich śmierć mogła zapewnić Yuuzhanom całkowite zwycięstwo.
Przebywający w niewoli Yuuzhan Vongów Jacen dostał się w ręce ptakopodobnej Foshanki, Vergere, która zaginęła wiele lat wcześniej, bo przyłączyła się do zwiadowców Yuuzhan Vongów, żeby lepiej poznać obce istoty. Naturalnie zataiła przed nimi, że jest Jedi.
Vergere zaczęła w najwymyślniejszy sposób torturować Jacena, żeby go zmusić do oswojenia się z cierpieniem i bólem. Wykorzystywała w tym celu nawet yuuzhańskiego potwora zwanego Objęciami Cierpienia. Jacen zaprzyjaźnił się z innym yuuzhańskim zwierzęciem, dhuryamem, który został później Mózgiem Świata Coruscant i zaczął poddawać planetę vongizacji, czyli przekształcać ją w taki sposób, żeby mogła zostać nową stolicą Yuuzhan Vongów. Yuuzhanie uważali Jacena za wcielenie jednego ze swoich bliźniaczych bogów.
MÅ‚ody Solo i Vergere uciekli z opanowanej przez obcych Coruscant i wylÄ…dowali na Kalamarze.
Po upadku Coruscant i po Bitwie o Borleias senatorowie Nowej Republiki wybrali na Kalamarze nowego przywódcę. Został nim caamasjański senator Cal Omas. Luke Skywalker
reaktywował Radę Jedi w nietypowym składzie: oprócz Jedi mieli w niej odtąd zasiadać wybrani przedstawiciele władz Nowej Republiki. Wojska Republiki zaczęły odnosić pierwsze, z początku skromne, zwycięstwa nad siłami zbrojnymi Yuuzhan Vongów, do czego przyczyniła się znacznie Jaina Solo. Vergere trafiła do więzienia, ale Luke odkrył, że Foshanka może mu pomóc wyjaśnić, dlaczego Yuuzhan Vongowie pozostają niewidoczni w Mocy. Han i Leia wyprawili się do Nieznanych Rejonów na planetę Bastion, stolicę Szczątków Imperium, gdzie dostali od Wielkiego Admirała Pellaeona dokładną mapę szlaków Głębokiego Jądra galaktyki. Zwabili tam Yuuzhan Vongów, a Jaina zabiła wojennego Mistrza obcych. Jacena i innych Jedi uratowała od śmierci Vergere, ale przypłaciła ten wyczyn życiem. Cal Omas proklamował powstanie Galaktycznego Sojuszu, a Luke wyruszył na poszukiwanie planety Zonama Sekot, w nadziei że tylko ona może pomóc pokonać Yuuzhan Vongów.
Tymczasem Yuuzhanie otrząsnęli się po porażce w Głębokim Jądrze i kontynuowali podbój następnych planet. Agenci obcych wykorzystywali w tym celu lokalne waśnie i konflikty. Luke odnalazł Zonamę Sekot, ale planeta obiecała pomoc dopiero po zbadaniu umysłów Luke’a i Jacena. Wojskowi Galaktycznego Sojuszu postanowili wyzwolić z rąk Yuuzhan Vongów Fondora i jego gwiezdne stocznie. W tym celu siły zbrojne Sojuszu upozorowały atak na Duro. Podstęp się udał, ale zginęło wielu niewtajemniczonych Durosjan.
Przedstawiciele Sojuszu polecieli potajemnie na Coruscant, żeby się spotkać z arcykapłanem Yuuzhan Vongów, Harrarem. Razem z nim wyruszyli na poszukiwania Zonamy Sekot i wylądowali na jej powierzchni. Yuuzhanie stwierdzili, że fauna i flora planety są niezwykle podobne do form życia na ich dawno zaginionej ojczyźnie. Harrar został zabity przez podstępnego egzekutora Yuuzhan Vongów, który poinformował Najwyższego Władcę Yuuzhan, Shimmrę, o odnalezieniu planety. Zonama Sekot wskoczyła na oślep do nadprzestrzeni, ale doznała przy tym wielu obrażeń. Yuuzhan Vongowie sparaliżowali sieć łączności zwaną HoloNetem.
Shimmra nie zlekceważył niebezpieczeństwa grożącego Yuuzhanom ze strony niezwykłej planety. Pragnął uprosić bogów, żeby pomogli mu ją odnaleźć, i w tym celu zamierzał złożyć w ofierze miliony jeńców. Na Coruscant wylądowały pierwsze oddziały szturmowe Galaktycznego Sojuszu. Luke zdobył fortecę Shimmry, ale został ciężko ranny. Okazało się, że w rzeczywistości Najwyższym Władcą Yuuzhan Vongów nie był Shimmra, ale jego pokraczny sługa, który zginął po stoczeniu walki z bliźniętami Solo.