Ludzie pragną czasami się rozstawać, żeby móc tęsknić, czekać i cieszyć się z powrotem.
Argumenty moralno-prawne, wynikające z doktryny wojny sprawiedliwej, wymierzył wprost przeciwko Krzyżakom. Jednocześnie sformułował postulat tolerancji religijnej, sprowadzający się do zakazu nawracania na chrześcijaństwo siłą. Wiara jest dobrowolna - dowodził - a ponieważ chrześcijaństwo realizuje misję ewangelizacji, może swe zadanie spełniać tylko drogą przekonywania bądź przykładu. Nawrócony władca ma jednak prawo dokonać, wedle swego uznania, chrztu poddanych. Wojna toczona przez Krzyżaków nie ma więc podstaw moralno--prawnych: jest wojną niesprawiedliwą. W kwestii władzy sprawowanej przez papieża i cesarza Włodkowic opowiedział się za przewagą tej pierwszej jako dotyczącej przede wszystkim spraw duchowych i posiadającej najwyższą sankcję Boską.
Środowisko uniwersyteckie bulwersowały także zagadnienia związane z reformą Kościoła, rozdzieranego tzw. schizmą zachodnią, sporami wokół powoływania kolejnych papieży i antypapieży, ogólnym, jaskrawo widocznym rozprzężeniem moralnym elit oraz niższego duchowieństwa. Na fali dążenia do odnowy wewnętrznej Kościoła in capite et in membris sformułowano pogląd prawno-teologiczny o wyższości soboru powszechnego (concilium generale) nad papieżem, zwany koncyliaryz-mem. Idea ta, zrodzona jeszcze w końcu XIV wieku na Uniwersytecie Karola w Pradze, a poparta przez wielu wybitnych myślicieli kościelnych (m.in. Jeana Gersona, później Mikołaja z Kuzy), była prezentowana w licznych wystąpieniach soborowych najpierw w Pizie (1409), następnie w Konstancji (1414-1418) oraz w Bazylei (1431-1449). Środowisko krakowskie nie tylko nie pozostało wobec niej obojętne, ale - przeciwnie - zaangażowało się w polemiki międzynarodowe, stając zdecydowanie na stanowisku koncyliarystycznym.
Zaproszony do sformułowania na soborze w Bazylei swego poglądu, Uniwersytet Krakowski wypracował wspólny dokument, poprzedzony napisaniem autorskich traktatów przez wybranych uczonych (byli nimi: Benedykt Hesse, Jakub z Paradyża, 763
Cz. III. Piśmiennictwo późnego średniowiecza. Twórczość w języku łacińskim. Proza
Jan Elgot, Wawrzyniec z Raciborza oraz Tomasz Strzempiński), zredagowanych następnie i spojonych w całość przez Strzempińskiego. Kompilacja ta (tytułowana w rękopisach rozmaicie, a wydana pt. Trać tatuś ... super auctoritate Sacrorum Conciliorum - Traktat ... o powadze świętych soborów) została przedstawiona uczestnikom soboru w r. 1441. Osnowę myślową traktatu stanowiło przekonanie, że sobór reprezentuje cały Kościół, powszechny i prawdziwy, tj. ciało mistyczne (corpus mysticum), którego głową i najwyższym zwierzchnikiem jest Chrystus. Z drugiej strony istnieje Kościół jako instytucja: „organizm polityczny" (corpus politicum), na którego czele stoi papież, będący „pierwszym pasterzem". Wyższość soboru powszechnego nie ulega przeto kwestii, skoro reprezentuje on Kościół prawdziwy, „ciało mistyczne" podległe bezpośrednio władzy Chrystusa.
Środowisko uniwersyteckie Krakowa nurtował także, zwłaszcza w pierwszych dziesięcioleciach XV wieku, problem husytyzmu. Ten inspirowany czeskimi wpływami ruch posiadał - jak pamiętamy - dwojakie oblicze: filozoficzne, wynikające z przyjęcia odnowionego przez Husa (w nawiązaniu do myśli Wiklefa) skrajnego realizmu pojęciowego, oraz religijno-społeczne, łączące się z programem radykalnej reformy Kościoła (zob. Twórczość w języku narodowym, rozdz. IV, podrozdz. 2, Pieśń o Wiklefie). Postulaty powrotu do pierwotnego ubóstwa i duchowej doskonałości dawnych chrześcijan obok zaleceń częstego przyjmowania komunii pod dwiema postaciami (sub utraque specie - jak to sformułował Hus, dając asumpt do utworzenia nazwy „utrakwiści") przenikały się z ostrą krytyką moralnego upadku Kościoła, a w szczególności papiestwa i z (zapoczątkowaną w Czechach przez Mateja z Janova) ideą destruktywnej działalności Antychrysta, który zstąpił między żyjących, aby zniszczyć od wewnątrz Kościół - dzieło Chrystusa.
Stanowisko mistrzów krakowskich wobec moralno-społecznej myśli husyckiej (zbieżne z postawą władz kościelnych) było nieprzychylne, w szczególności od soboru w Konstancji, podczas którego Jan Hus i Hieronim z Pragi spłonęli na stosie, a ich poglądy zostały uznane za heretyckie. Delegacja polska poparła antyhusycką doktrynę soborową. W obronie oskarżonego czeskiego uczonego stanął jedynie Łukasz z Wielkiego Koźmina, teolog i prawnik. Andrzej Łaskarz z Gosławic znalazł się w składzie delegacji, która miała nakłonić Husa do publicznego odwołania błędnych tez. Przeciwko uwięzieniu Husa protestowali obecni w Konstancji rycerze: Zawisza Czarny, Janusz z Tuliszkowa i Andrzej Balicki.